El 2 de marzo de 2006 se constituyó la Comisión Nacional para el Centenario de Francisco Ayala. La vicepresidenta primera del Gobierno y ministra de la Presidencia, María Teresa Fernández de la Vega, junto a la ministra de Cultura, Carmen Calvo, presidieron el acto de constitución.
La función de la Comisión era la de impulsar y canalizar los distintos actos para conmemorar esta importantísima efeméride, que sirvió para rendir homenaje a la figura de Ayala y para actualizar las reflexiones sobre la libertad, sus retos, sus limitaciones y las amenazas que la misma recibe en la perspectiva del siglo XXI.
El Ministerio de Cultura organizó los actos a través de la Sociedad Estatal de Conmemoraciones Culturales (SECC), con la colaboración de la Junta de Andalucía, el Instituto Cervantes, el Ayuntamiento de Granada y la Universidad de dicha ciudad. El punto de partida fue el 16 de marzo, fecha del nacimiento del escritor, con una conferencia de Federico Mayor Zaragoza en la Biblioteca Nacional.